1 Tulemuste vormistamine

Sageli kõige tüütum andmeanalüüsi juures on tulemuste vormistamine ilusaks dokumendiks. R-i väljund on tavaliselt kas konsoolis või graafikaaknas. Isegi kui tulemused on konsooliaknas tabelina, on seda Wordi vms programmi ümber tõsta tülikas. Õnneks on ka selle probleemi lahendamiseks R-is mitmeid erinevaid pakette, mille tööpõhimõte on sarnane:

1. Kirjutada oma analüüsi tekst koos vahepealsete koodiridadega ühte tekstifaili.
2. See fail kompileerida sobivasse formaati (nt word, html, tex või pdf).

Kui kasutada RStudiot, siis on taolise analüüsiraporti koostamine väga lihtne. Oletame, et punktis 1. nimetatud fail on näiteks järgmise sisuga:

---
output: pdf_document
---
# Esimene arvutus
```{r,echo=FALSE}
mass <- read.table("https://github.com/Rkursus/sygis2019/raw/master/data/mass.txt", sep ="\t", header = T)
```
Massachusettsi andmestikus on kokku `r nrow(mass)` inimest; sooline jaotus on järgnev:
```{r,echo=FALSE}
table(mass$SEX)
```
## Esimene alapunkt
Nüüd on lisaks tulemusele endale näha, milline koodijupp leiab keskmise vanuse:
```{r,echo=TRUE}
mean(mass$AGEP)
```

See fail peaks olema salvestatud laiendiga .rmd ja avatud RStudios, siis vastava pdf-faili saab kompileerida kui vajutada menüüribal lõngakeraga nuppu Knit. Kui avada sama nupu noolemärgist rippmenüü, siis saab ka muuta koostatava faili tüüpi: Knit to PDF asemel võib valida ka Knit to HTML või Knit to Word. NB! Pdf-faili tegemine eeldab, et arvutis on olemas MikTeX vms kui seda pole, siis peaks piisama kui läbi teha järgmised käsud:

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()

Selleks, et raporti genereerimine ise läbi proovida kontrolli kõigepealt kas installeeritud on paketid knitr ja rmarkdown. Seejärel ava uus markdown fail valides menüüst File -> New file -> R Markdown. Pane analoogselt ülaltoodud näitega faili kirja oma tekst ja märgendite vahele R-i kood, mis teeb arvutused, salvesta fail laiendiga .rmd ja vajuta nuppu Knit to …. Markdown märgendkeeles faili vormistamise abi saamiseks vaata näiteks http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html

Ülalolevas näites on teksti vahele pikitud R-i koodi nn juppide/plokkide ehk chunkidega. Jupp võib olla nn reasisene ehk inline, või täiesti eraldiseisev. Reasisene R-i koodijupp tuleb piirata graavise sümboliga (backtick), mida eesti paigutusega klaviatuuril leiab backspace klahvi kõrvalt; reasisese koodijupi alguses peab olema täht r.

Sageli on mõttekas kasutada täiesti eraldiseisvaid koodiplokke, mis tuleks piirata kolmekordse graavisega. Ploki alguses tuleb loogelistes sulgudes kõigepealt kirjutada täht r, seejärel võib kirjutada komaga eraldatult lisaargumente². Mõned olulisemad:

• echo – kas väljundis peaks ka R-i kood olema näha (TRUE/FALSE)
• eval – kas koodiplokis olev kood täita või mitte (TRUE/FALSE)
• fig.width, fig.height – kui koodiplokis tehakse joonis, siis mis mõõtmetega see peab olema.
• results – kuidas vormindada väljundit (konsooli väljatrükki); väärtus 'asis' on paslik sel juhul, kui kasutame mingit spetsiifilist vorminduskäsku (nt xtable(.)). Väärtuse 'hide' korral väljundite ei näideta.

Oluline on, et eraldiseisva koodiploki algus ja lõpumärgised oleks eraldi real ja ilma eelneva tühikuta. RStudios on koodiploki märgendeid lihtne lisada klahvikombinatsiooni Ctrl + Alt + I abil või vajutades vastavat nuppu (Insert) menüüreal.

Koodiplokkide vahelise teksti puhul mõned olulisemad märgendusvõtted³:

• # Pealkiri – esimese taseme pealkiri
• ## alapealkiri – teise taseme pealkiri jne (kuni 6 taset)
• Uue lõigu alustamiseks jätta üks tühi rida vahele
• Nummerdamata loetelu elementide ette näiteks - või *; loetelu ees peab olema tühi rida
• Nummerdatud loetelu kõigi elementide ette 1.
• Käsitsi saab tabelit vormistada miinusmärgi ja püstkriipsude abil
• allmärkuseid saab nii: mingitekst^[allmärkuse tekst]

Nii on võimalik R-i väljundit mugavasti ühte faili saada, et ei peaks pidevalt kopeerima-kleepima. Kuidas aga R-i produtseeritavad tabelid ilusaks saada? Lihtsamad tabelid saab kujundada knitr käsu kable abil. Näiteks kui eelnevalt on moodustatud tabel tabel0:

library(dplyr)
tabel0 <- mass %>% group_by("Kodakondsus" = CIT) %>% 
  summarise("Keskmine vanus" = mean(AGEP), "Vanuse standardviga" = sd(AGEP)/sqrt(n()),
            "Soo ülekaal" = ifelse(sum(SEX == "Male") > n()/2, "Mehed", "Naised"))

siis tabeli esitamiseks väljundis on vaja lisada koodiplokk kujul (format määrab väljundi tüübi näiteks latex, html):

  ```{r koodijupp tabeli tegemiseks 1, results = 'asis'}
  library(knitr)
  kable(tabel0, digits = c(1, 2), align = c("lccr"), format = "markdown")
  ```      

On olemas ka spetsiaalseid pakette R tabelite esitamiseks ja näiteks mudelite väljundi ilusaks esitamiseks. Üks sellistest pakettidest on xtable, mille kõige olulisem käsk xtable(.) produtseerib etteantud tabelist (või vähegi tabelit meenutavast objektist, nt data.frame’ist) sobiliku LaTeX või HTML koodi:

 ```{r koodijupp tabeli tegemiseks 2, results='asis'}
 library(xtable)
 tabel0 <- table(mass$CIT, mass$SEX)
 tabel <- xtable(tabel0, caption = "Sagedustabel", align = c("r|cc"))
 print(tabel, type = "latex", comment = FALSE) # type = "latex" tabel LaTeX koodis
 ``` 

Lineaarse mudeli koefitsentide esitus tabeli kujul:

```{r mudeli kordajad, results = 'asis'}
mudel <- lm(WAGP ~ WKHP, data = mass)
print(xtable(mudel))
```

2 Kordamiseks

Läbitud teemade kordamiseks tee läbi järgmised ülesanded. Kasutatavas andmestikus on andmed maailma riikide rikkuse kohta, see sisaldab infot riikide rahvaarvu, koguvara ning erinevate maavarade ja loodusressursside osa kapitalist. Kõik rahanumbrid on dollarites inimese kohta.

Ülesanded vormista RMarkdown keeles või LaTeX abil.